Фамилия Микачев образована от имени Микач — краткой, обиходной формы канонического имени Михаил. Такое стяжение характерно для русской народной традиции: от полного имени отсекали часть, а к оставшейся основе добавляли уменьшительный суффикс -ач, -яч, -аш, -яш. Получались прозвищные имена вроде Микач, Миняч, Митяш, которые потом закреплялись за потомками уже как фамилии.

Суффикс -ач в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, но он показателен: такие формы обычно указывают на простонародную, нецерковную среду. Имя Микач могло принадлежать человеку, которого в быту звали не Михаилом, а именно Микачем — ласково или, наоборот, с оттенком фамильярности. В документах XV–XVII веков подобные прозвища фиксируются у крестьян и посадских людей, реже — у служилых.

Патронимический суффикс -ев (а не -ов) объясняется мягкостью конечного согласного основы: Микач — Микачев, по той же модели, что Кузьмичев или Ильичев. Фамилия закрепилась на севере европейской России: в Вологодской, Архангельской, Костромской губерниях, где имя Михаил было особенно популярно, а местные говоры сохраняли стяжённые формы. Встречается также в Поволжье, куда переселенцы принесли фамилию в XIX веке.

Других версий происхождения у фамилии Микачев нет. Корень не связан с тюркскими или финно-угорскими языками — это чисто русская модель. В написании возможна вариация с одной «к» (Микачев), но в современных документах преобладает двойное «к», закреплённое орфографически.