Фамилия Микарей — редкий случай, когда суффикс подсказывает географию точнее, чем корень. Окончание -ей указывает не на русскую, а на западнославянскую или балтийскую модель образования. В польском, белорусском и украинском языках фамилии на -ей (типа Андрей, Матвей) часто возникали из календарных имён, но здесь основа другая.

Корень Микар- восходит к имени Микарь — народной форме крестильного имени Никифор (греч. «победоносец»). В русских говорах «Никифор» превращался в Микифор, а затем в Микарь за счёт усечения и замены начального «Ни» на «Ми» под влиянием уменьшительных форм. Аналогичные переходы дали фамилии Микаров, Микаревич, Микарский. Фамилия Микарей, скорее всего, закрепилась в среде, где говорили на смеси белорусского и польского наречий — на территории современной Беларуси или западных областей Украины.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от прозвища Микарь, связанного с литовским или латышским словом mikas — «маленький, крошечный». В таком случае фамилия могла означать «сын маленького человека» и бытовать в балтийском регионе. Но правдоподобнее первая гипотеза, поскольку имя Микарь фиксируется в православных святцах как просторечная форма, а фамилии на -ей от имён — типовая модель для восточных славян, живших под влиянием польской антропонимии.

Социально фамилия Микарей не даёт намёков на дворянское происхождение: суффикс -ей нехарактерен для русских аристократических родов. Скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, и фамилия закрепилась в одной-двух деревнях. Судя по редкости, носителей Микарей немного, и основная масса живёт в западной части России или в Беларуси. Точных исторических записей о фамилии в открытых источниках нет — это типичная «глухая» фамилия, которую можно восстановить только по лингвистическим следам.