Фамилия Макарей происходит от крестильного мужского имени Макарий. В основе лежит греческое слово «макариос», что означает «счастливый», «блаженный». Имя было широко распространено в православной среде, особенно в среде духовенства, но в народе оно часто трансформировалось в более короткие и удобные для произношения формы.

Исходная фамилия — Макарей — представляет собой именно такую народную форму. Полные имена на -ий в быту нередко усекались: вместо Макарий говорили Макар, Макарей, Макара. Фамилия закрепилась в той форме, в какой имя бытовало в конкретной семье или местности. Модель образования проста: к основе добавился суффикс -ей, характерный для кратких разговорных вариантов имени. Таким образом, фамилия Макарей — это не что иное, как застывшее в документах прозвище или обиходное имя родоначальника.

Редкость фамилии объясняется тем, что она не прошла стандартную «канонизацию» через суффиксы -ов или -ин. Большинство производных от Макария пошли по пути Макаров, Макарьев, Макашин. Форма Макарей осталась на периферии, что делает её особенно ценной для генеалогии: она указывает на конкретную ветвь, где имя употреблялось именно так. Скорее всего, предки носителей фамилии были либо крестьянами, либо людьми из непривилегированных сословий, где усечённые имена были нормой.

В некоторых говорах имя Макарей могло звучать с ударением на последний слог, что также отразилось на написании. Географически фамилия тяготеет к западным и южным регионам России, где влияние украинского и белорусского языков делало такие формы более устойчивыми. Встречается она и на Украине — в варианте Макарей, который мог быть записан как через «е», так и через «и» на конце.

В ономастике нет единого мнения, считать ли Макарей самостоятельной фамилией или вариантом фамилии Макаров. Скорее, это параллельная модель образования, возникшая независимо. Если Макаров — отчество от полного имени, то Макарей — прямое прозвище по имени, без патронимического суффикса. Такие случаи редки, но показательны: они фиксируют живую речь, а не канцелярский шаблон.