Фамилия Макареев образована от канонического крестильного имени Макарий. В просторечии оно закрепилось в форме Макар, а в переводе с греческого означает «блаженный» или «счастливый». Потомки человека, носившего это имя, со временем получили фамилию Макареев.

Обратите внимание на необычный суффикс -еев. В русских фамилиях он встречается реже, чем привычные -ов или -ев. Чаще всего такой суффикс появляется, если основа имени оканчивалась на -ей или -ай (сравните: Андрей — Андреев, Тимофей — Тимофеев). В случае с Макаром переходная форма могла выглядеть как «Макарей» — устаревшая или диалектная вариация имени, от которой и пошла фамилия. Это отличает её от более распространённых однокоренных фамилий: Макаров (с суффиксом -ов), Макаревич (с западнорусским патронимическим суффиксом) или Макаревский (с топонимическим оттенком).

Существует и другая, менее вероятная гипотеза. В русских говорах словом «макар» или «макарка» называли плута и обманщика, а в сибирских диалектах, наоборот, простака. Однако для фамилии Макареев эта версия слаба: прозвища редко давали в такой форме, и они почти не образовывали фамилий на -еев. Намного правдоподобнее, что в основе лежит именно церковное имя Макарий, которое было очень популярно на Руси. Носители фамилии Макареев — это потомки тех, кого в быту звали Макаром, но в документах или в определённой местности имя закрепилось в форме «Макарей».