Фамилия Макареевы образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. В её основе лежит каноническое мужское имя Макарий, в народной форме Макар. С греческого языка это имя переводится как «блаженный, счастливый». Родственные фамилии — Макаревич, Макаревский, Макарин, Макарчук, Макашин.

Словообразовательная модель здесь редкая: суффикс -еев, а не привычный -ев или -ов. Он указывает на происхождение от формы Макарей — так в старину могли называть сына или потомка Макара. Иными словами, Макареевы — это «дети Макарея», то есть того, кого звали уменьшительно-ласкательно Макарей.

Менее правдоподобна гипотеза, что в основе фамилии лежит прозвище из диалектных слов «макар» или «макарка». В одних говорах они означали «плут, обманщик, лицемер», а в сибирских — наоборот, «простак». Но версия с крестильным именем надёжнее: она подкреплена массой аналогичных фамилий и общей логикой русского фамильного словообразования.

Точно сказать, когда и где впервые появилась фамилия Макареев, сложно. Но её ареал, скорее всего, связан с центральными или северными губерниями России, где форма Макарей была в ходу. Встречается она и сегодня, хотя и не так часто, как Макаров или Макарьев.