Фамилия Микирей — редкий случай, когда прозвище или имя застыло в почти неизменной форме, без типичных русских суффиксов -ов, -ев или -ин. Она образована напрямую от личного имени или прозвища Микирей, которое, в свою очередь, является диалектной или народной формой канонического имени Никифор. В русских говорах, особенно на юге и западе, «Никифор» часто звучало как «Микифор», «Микишка», «Микирей». Переход начального «Н» в «М» — явление нередкое для народной этимологии (ср. «Микола» вместо «Никола»).

Основа имени Никифор (греч. Nikephoros — «несущий победу») в форме Микирей указывает на то, что предок носителя фамилии был крещён этим именем. Фамилии на -ей, как Микирей, Тимофей, Матвей, обычно фиксируют полную форму имени, но здесь мы видим не канонический вариант, а усечённый и адаптированный. Такие фамилии чаще всего встречались в среде крестьянства и мещанства, где церковные имена активно перерабатывались живым языком.

Географически фамилия Микирей тяготеет к западнорусским и украинским землям. В документах XVII–XVIII веков, например в переписях казаков и крестьян Черниговщины, Полтавщины, а также южных уездов России, можно встретить форму «Микирей» как личное прозвище. В отличие от фамилий на -енко или -ук, которые там же преобладают, Микирей — редкий пример бессуффиксной фиксации имени, что делает её своеобразным «окаменелым» прозвищем.

Сравнение с однокоренными фамилиями Микифоров, Микишин, Микитюк показывает, что Микирей стоит особняком: в ней нет суффикса принадлежности, она не говорит «чей-то сын», а прямо называет человека по имени. Это может указывать на то, что фамилия возникла не в боярской или служилой среде, где требовалась форма на -ов, а в среде, где человека записывали так, как он сам себя называл в быту.