Фамилия Михалапов — редкий случай, когда на слух она звучит почти как отчество, но на деле образована совсем иначе. Если отбросить фамильный суффикс -ов, остаётся основа «Михалап». В ней слышится имя Михаил, но с необычным окончанием. Скорее всего, перед нами не прямое производное от канонической формы, а результат народной переделки: Михаил в просторечии мог превратиться в Михалу, а затем — в уничижительную или ласкательную форму Михалап (ср. Ивашка → Ивашко, но здесь добавился суффикс -ап, как в именах Костяп, Ваняп). Таким образом, Михалап — это разговорный вариант имени Михаил, который закрепился в прозвище, а потом и в фамилии.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия могла возникнуть от прозвища, связанного с диалектным словом. В некоторых говорах «лапа» означала не только ступню, но и неуклюжего человека. Если первую часть «Мих-» трактовать как сокращение от имени, то «Михалап» — это «Михаил с лапой», то есть человек с большой рукой или ногой, либо просто неловкий. Однако первая версия (от имени через уменьшительную форму) выглядит естественнее: в русской ономастике масса фамилий, образованных от просторечных вариантов имён (Аниканов, Ермолаев, Кузьмичёв), и Михалапов вписывается в этот ряд.

География фамилии узкая. Михалаповы встречаются преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Костромской и Вологодской губерниях, где были сильны традиции «окающего» говора и где имя Михаил часто произносили как «Михал» или «Михала». В дореволюционных переписях эта фамилия фиксировалась в основном среди крестьян и мещан — то есть предки носителя фамилии были простыми людьми, чьё прозвище закрепилось за родом без изменений.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий XIX века: «чей?» — Михалапов, то есть сын или потомок Михалапа. Интересно, что ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Миха́лапов. Это отличает её от фамилий с суффиксом -ов, образованных от полных имён (Михайлов — ударение на последний слог). Такое смещение ударения — ещё один признак, что основа была неканонической, народной.