Фамилия Михайлутина — одна из тех, что прямо указывает на имя предка по отцу. В основе лежит крестильное имя Михаил, что в переводе с древнееврейского значит «кто как Бог». Но если фамилии Михайлов, Михайлин или Михайловский встречаются сплошь и рядом, то Михайлутина выделяется своим суффиксом. Здесь сработала уменьшительная форма имени — Михайлута. Так в быту, в семье или в деревенском обиходе могли называть Михаила, особенно если он был младшим или просто любимым сыном.

Суффикс -ут(а) в русских именах — явление редкое и выразительное. Он придавал имени оттенок ласки или, наоборот, ироничной фамильярности (сравните: Ванюта, Петрута, Костюта). Форма «Михайлута» — не церковная, а народная, разговорная. Она бытовала в тех краях, где ценили неофициальные, «домашние» варианты имени. От этого прозвищного имени и пошла фамилия: «Чей сын? — Михайлутин». То есть потомок того самого Михайлуты.

С точки зрения географии, фамилия тяготеет к северным и центральным областям России. Встречается в архангельских, вологодских, костромских землях — там, где хорошо сохранились старые русские говоры и модели словообразования. В южных регионах, где сильнее украинское влияние, чаще встречаются формы вроде Михайленко или Михайлюк. Так что Михайлутина — маркер именно великорусского, северного корня.

Сословного барьера у фамилии не было. Михайлутиными могли быть и крестьяне, и посадские люди, и даже духовенство, если священника в быту звали не по сану, а по имени. Известно, что в писцовых книгах XVI–XVII веков фамилии с суффиксом -ин встречаются у всех слоев населения, кроме высшей аристократии, которая предпочитала окончания -ов и -ский. Поэтому предок-Михайлута — скорее всего, простой человек, чье имя закрепилось за его родом на века.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Михайлутина стоит в одном ряду с Михайловым, но отличается от него как фамилия «личная», произошедшая от прозвища, а не от полного канонического имени. Михайлов мог возникнуть в любой семье, где отца звали Михаил, а Михайлутина — только там, где в ходу была эта конкретная ласкательная форма. Это делает фамилию более редкой и ценной для генеалогического поиска: по ней проще определить регион и диалектную среду предков.