Фамилия Михедеркин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Если отбросить случайные искажения при переписи, то в основе почти наверняка лежит каноническое имя Михаил, но с необычной ступенью словообразования.

Разберём модель. Фамилия образована с помощью суффикса -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — Михедеркин, то есть сын или потомок Михедерки. Сама основа Михедерк- — это производная форма от имени Михедер. А вот Михедер — это народный, разговорный вариант имени Михаил, который прошёл несколько стадий сокращения. В говорах имя Михаил могло звучать как Михей, от него образовалась ласкательная форма Михеда, а затем — с суффиксом субъективной оценки -ер- — Михедер. Суффикс -ер- в русских именах встречается редко, он характерен для западнорусских и белорусских говоров (сравните: Макар — Макадер, Иван — Ивандер). Таким образом, Михедер — это ласкательно-фамильярное обращение к Михаилу, вроде «Михайлушка», но с местным диалектным оттенком.

Фамилия Михедеркин — ярославско-костромского типа. Суффикс -ин и форма на -ерка (а не на -ерко) указывают на севернорусскую или центральную территорию, где фамилии на -ин традиционно преобладали. Вероятнее всего, предок носителя был крестьянином или посадским человеком из бывших Ярославской или Костромской губерний. В документах XVII–XVIII веков подобные прозвища встречаются именно в этом регионе: например, в переписных книгах Ярославского уезда фиксируются крестьяне с именами Михедерко, Михедер.

Встречается и альтернативная версия, но она слабая: связывать фамилию с тюркским корнем «мих» (гвоздь) или с еврейским именем Меер. Никаких доказательств этому нет — суффикс -еркин в таком случае был бы искусственным и необъяснимым для русской фамилии. Гораздо правдоподобнее, что Михедеркин — это просто «внук Михедера», то есть Михаила, которого в деревне звали ласково, но по-своему.