Фамилия Михеденко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала одной из самых продуктивных в Поднепровье и на Левобережье. Суффикс -енко исторически означал «сын» или «потомок», то есть Михеденко — буквально «сын Михеда». Вся фамилия держится на разговорной форме Михед, а та — производная от канонического крестильного имени Михей.

Имя Михей пришло из древнееврейского, где означало «подобный Богу» или «кто как Бог». В русской и украинской народной среде оно часто видоизменялось: наряду с полным Михей бытовали сокращения Михейко, Михно, Михед. Форма Михед — результат типичного для украинских говоров перехода древнерусского «х» в придыхательное «х» (фактически — в «г» фрикативное) и добавления суффикса -ед, который мог нести оттенок ласкательности или, наоборот, просто закрепляться как просторечный вариант. Аналогично образовывались фамилии Михед, Михедько, Михедов.

Географически фамилия Михеденко плотнее всего привязана к центральным и северным областям Украины: Черниговщине, Полтавщине, Киевщине. В XIX веке носители фамилии встречались среди казацкой старшины, мещан и крестьян, но сословная принадлежность никогда не была однородной. Поскольку суффикс -енко в украинской традиции не указывал на знатность (в отличие от польских -ский или русских -ов), Михеденко мог быть и сыном ремесленника, и сыном казака.

Интересная деталь: фамилия Михеденко стоит в ряду однокоренных, но разошедшихся по суффиксам — Михедов (русская модель), Михедько (украинская уменьшительная), Михеенко (от полной формы Михей). Различие в суффиксах отражает не только региональные диалекты, но и то, в какой именно момент фамилия закрепилась: Михеденко — более поздняя и сугубо украинская фиксация, чем, скажем, Михеев.

Написание фамилии устойчивое, без вариантов вроде Мехеденко — это указывает на то, что основа не переосмыслялась под влиянием других корней. Фамилия не редкая, но и не массовая: по данным современных баз, чаще всего встречается в Черниговской и Сумской областях, а также среди потомков украинских переселенцев в Краснодарском крае и на Дальнем Востоке.