Фамилия Михедин в своей основе почти наверняка несёт тюркское прозвище Мехед. Так в старину называли представителей рутульцев — народа, живущего на юге Дагестана. Прозвище, указывающее на этническую принадлежность, закрепилось за человеком, а уже от него через патронимический суффикс образовалась фамилия. Если разобрать слово по составу, то к основе «Мехед» добавился русский притяжательный суффикс «-ин», который отвечает на вопрос «чей?» и означает «сын такого-то». Подобная модель — одна из самых распространённых в русской ономастике, но в сочетании с восточной основой она даёт яркий след давних межэтнических контактов.

Менее убедительна версия, возводящая фамилию к арабскому имени Мехди, что переводится как «направляемый Аллахом». Имя это широко известно в мусульманском мире, однако для образования фамилии на русской почве оно дало бы скорее формы вроде Мехдиев или Мехедов, а не Михедин. К тому же огласовка первого слога в фамилии — «и» вместо «е» — говорит в пользу того, что перед нами не прямое заимствование, а переосмысление уже существовавшего прозвища. Вероятно, при переносе в русскую среду исходное «Мехед» под влиянием народной этимологии сблизилось с просторечными формами имени Михаил, что и закрепило написание через «и».

Сама фамилия относится к древнему пласту восточных фамилий, которые бытовали в казачьей и купеческой среде, а также среди служилых людей, имевших контакты с народами Кавказа и Поволжья. Носитель прозвища Мехед мог быть выходцем из Дагестана, принявшим православие, либо русским, долго жившим среди рутульцев и получившим от них прозвание. Точных документальных свидетельств о первых носителях фамилии Михедин не сохранилось, но сама модель образования указывает на то, что фамилия сложилась не позднее XVII–XVIII веков, когда подобные патронимы массово закреплялись за крестьянскими и посадскими семьями. Сегодня фамилия встречается редко и сохраняет память о том, как на русской почве переплавлялись имена и прозвища разных народов.