Фамилия Михеенкова образована от имени Михаил, а точнее от его просторечной формы — Михей. Крестильное мужское имя Михаил в переводе с древнееврейского означает «благонравный». Скорее всего, основатель рода Михеенковых был выходцем из рабочей или крестьянской среды.