Фамилия Михетькова образована от мужского имени Михетько — народной формы крестильного имени Михаил. В древнерусской традиции имя Михаил (в переводе с древнееврейского «кто как Бог») часто приобретало обиходные варианты с уменьшительно-ласкательными суффиксами: Михей, Михея, Михеть, и далее — Михетько. Суффикс -к- в данном случае не столько указывает на малость, сколько служит признаком разговорной, бытовой речи: так могли называть в семье или в деревне человека по имени Михаил.

Модель образования фамилии типична для восточнославянской ономастики: к основе Михетьк- добавился суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Михетьков). Женская форма Михетькова — это вариант по мужу или отцу, то есть «жена или дочь Михетькова». В русской традиции XVIII–XIX веков фамилии с таким окончанием чаще всего носили крестьяне и мещане, особенно в северных и центральных губерниях, где были распространены подобные «домашние» именования.

Интересная деталь: фамилия Михетькова встречается реже, чем более привычные Михеев или Михайлов. Это говорит о том, что её основа — неканоническая форма имени, которая бытовала локально, возможно, в каком-то одном регионе. Словарь русских фамилий Б. Унбегана не фиксирует Михетькова как отдельную статью, но по аналогии с другими формами на -етько (Петько, Ванько, Гринько) можно утверждать, что она возникла в южнорусской или белорусской среде, где суффикс -ко особенно характерен. Если предки носили эту фамилию, они, скорее всего, были простыми людьми: крестьянами или ремесленниками, которых в документах записывали по отцу — Михетьку.

Спорных версий у фамилии нет: корень прозрачен, суффикс типичен. Единственное, что может сбивать с толку — написание через «е» после «х», но это всего лишь отражение произношения (в диалектах «Михетько» звучало мягче, чем «Михетко»).