Фамилия Михилькис представляет собой фонетический вариант фамилии Михелькис. В свою очередь, фамилия Михелькис образована от имени Михелька. Оно является производной формой имени Михаэль. В библейской традиции Михаэль (Михаил) — величайший из всех ангелов, что нашло отражение не только в иудейских, но и в христианских и мусульманских священных текстах. Ашкеназские фамилии оформляются формантами -сон/-зон (в буквальном переводе «сын»), -ман («человек, мужчина, муж»), -кинд («ребенок»), -бейн («кость»), -штам («ствол»), -ер, -с. Евреи Израиля часто имеют фамилии, оформленные еврейскими суффиксами принадлежности –ис/-ес, -и, приставкой бен- (в переводе с иврита «сын») и артиклем принадлежности к роду Га-.