Фамилия Микинян — характерный пример армянской модели фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -ян. В армянском языке этот суффикс, как и его вариант -янц, означает принадлежность к роду, буквально «из семьи такого-то» или «потомок такого-то». Основа фамилии — личное имя Микиня, которое представляет собой уменьшительно-ласкательную форму от имени Микаэл (Михаил). На Кавказе, особенно в армянской и тюркской среде, было распространено усечение полных имён с добавлением суффиксов -ик, -ак, -я, -ка; Микиня возникло как вариант имени Микаэл с уменьшительным окончанием, свойственным разговорной речи.

Словообразовательная цепочка проста: имя Микаэл → Микиня (обиходная форма) → Микинян (сын или потомок Микини). Фамилия закрепилась в среде армянского населения, но её география не ограничивается исторической Арменией. После массовых переселений армян в XIX—XX веках носители фамилии Микинян встречаются в Грузии, Краснодарском крае, Ростовской области и в странах армянской диаспоры — от США до Ливана. В написании возможна вариативность: в старых документах иногда встречается форма Микинянц, где суффикс -янц указывает на более архаичный вариант родовой принадлежности, характерный для западноармянских диалектов.

Сословно фамилия не привязана к дворянству или духовенству — её носителями были крестьяне, ремесленники и торговцы, что типично для массовых армянских фамилий, возникших из личных имён. Сравните с однокоренными фамилиями Микаелян, Микиян, Микаян — все они восходят к одному имени, но различаются по суффиксам и степени редукции основы. Интересно, что в русскоязычной среде фамилию Микинян иногда путают с русской фамилией Микинин, образованной от прозвища Микиня (разговорная форма имени Никита), но это разные этимологические линии: армянский корень ведёт к Микаэлу, а русский — к Никите.