Фамилия Миклиус — редкий случай, когда мы почти наверняка можем сказать, что перед нами не русская фамилия, а латинизированная форма. В русской ономастике суффикс -ус встречается в фамилиях, которые в XVIII–XIX веках искусственно создавали в духовных училищах и семинариях. Священникам и их детям нередко давали фамилии, переделанные на латинский или греческий манер, чтобы они звучали «учёно» и отличались от фамилий крестьян и мещан. Так, Миклиус — это, скорее всего, латинизация имени Мик(а)ил или Мик(а)ла, то есть Михаил.

Основа фамилии — корень Микл-, который восходит к греческому имени Михаил («кто как Бог»). Окончание -иус — типичное для латинского языка (сравните с фамилиями Геннадиус, Паулюс, Каллистратус). Таким образом, Миклиус — это «Михайлов» по-латыни, но не в прямом значении отчества, а в форме, принятой в духовной среде. В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ев, эта фамилия указывает не на отца, а на образовательный статус предка: её носитель, вероятно, был выпускником семинарии или священником.

География фамилии Миклиус очень узкая. Встречается она преимущественно на западе России и в Беларуси, где в XIX веке было сильно влияние униатской и православной духовных школ. Если ваш предок носил эту фамилию, с высокой вероятностью он происходил из семьи церковнослужителя или сельского священника, а сама фамилия была дана при поступлении в училище вместо более простой бытовой фамилии вроде Микитин или Михайлов.

Стоит учесть и более редкую версию: фамилия могла возникнуть не в семинарии, а как полонизированная форма от литовского или белорусского прозвища Miklius, которое связано с именем Микас (Михаил). В этом случае суффикс -ус — не латинский, а результат литовского окончания -ius, которое в польской и русской записи превратилось в -ус. Но для русской фамилии Миклиус первая, «семинарская» версия гораздо правдоподобнее: она объясняет и редкость фамилии, и её необычный для крестьянской среды вид.