Фамилия Микнюков — яркий пример того, как разговорная речь может закрепиться в официальном документе. В её основе лежит не полное церковное имя, а его бытовая, сокращённая форма. Корень здесь — Микня, уменьшительное от имени Никита. В народе имя Никита часто «укорачивали» до Микита или Микня (с выпадением начального слога и смягчением). Суффикс -юк- характерен для украинской, белорусской и южнорусской традиции: он указывал на сына или ученика («Микнюк» — малый Микня). А конечное -ов — это уже обрусевшее окончание, которое добавили при адаптации фамилии в северных и центральных губерниях России, где требовали патроним на «-ов» вместо «-ук».

Таким образом, Микнюков буквально значит «сын Микни, потомок Никиты». Географически фамилия тяготеет к зоне контакта великорусского и малорусского населения. Скорее всего, предки носителя фамилии жили на границе современных Брянской, Курской областей или на юге Беларуси, где имя Никита в быту звучало как Микня, а суффикс -юк был обычным делом. В документах XIX века такую фамилию могли записать по-разному: Микнюков, Микнюк, Микнеков — в зависимости от того, насколько писарь «обрусел» окончание.

В отличие от фамилий на чистое -ук, которые остались в западнорусских землях, Микнюков — результат миграции или бюрократической унификации. Если бы предок остался на родине, фамилия звучала бы как Микнюк. Но раз она получила окончание -ов, значит, родственники оказались под влиянием московской приказной традиции, где «неправильные» окончания исправляли на стандартные. Это не делает фамилию «более русской» — она просто отражает исторический путь семьи через границу диалектов.

Редкость фамилии объясняется тем, что форма Микня была менее распространена, чем, скажем, Микитка или Никишка. Поэтому однокоренных фамилий у Микнюкова мало: можно вспомнить разве что Микнюка (без -ов) и Микнева (от Микня с другим суффиксом).