Фамилия Микотин образована от имени или прозвища Микота. В основе лежит календарное имя Никита, которое в русской народной речи звучало как Микита (с утратой начального «н» и смягчением). От формы Микита возникли уменьшительные варианты Микота, Микотка — так в быту называли человека, носившего полное имя. Фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я, поэтому Микотин буквально означает «сын Микоты» или «потомок Микоты».

Суффикс -ин в этой модели указывает на принадлежность: чей? — Микотин. Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, где отчества на -ин встречались чаще, чем на -ов/-ев. Встречается и менее вероятная версия: связь с диалектным словом «микота» — так в некоторых говорах называли медлительного или тихого человека. Однако первое объяснение, от имени, выглядит убедительнее, потому что фамилии от уменьшительных форм крестильных имён — один из самых массовых источников русских родовых прозваний.

Фамилия Микотин не относится к числу очень распространённых, но встречается в разных регионах: в Вологодской, Костромской, Кировской областях, а также на Урале. Это говорит о том, что предки Микотиных были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми — дворянские фамилии с таким окончанием редки. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян Микотиных в переписных книгах северных уездов.

Интересно, что фамилия сохранила древнюю черту русской антропонимии: переход начального «н» в «м» в заимствованных именах (Никита → Микита). То же самое произошло, например, с именем Николай, которое в народе звучало как Миколай, отсюда фамилии Миколаев, Миколенко. Микотин — ещё один пример того, как живая речь перерабатывала книжные церковные имена, создавая новые фамильные гнёзда.