Фамилия Микодин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она напоминает множество фамилий на -ин, образованных от имени или прозвища. Но что стоит в основе?

Самая вероятная версия — связь с каноническим мужским именем Никодим. В просторечии имя нередко сокращали, усекали или переставляли слоги. Форма Микодим (с заменой начального «Ни» на «Ми») встречалась в народной среде — так же, как от Димитрий получали Митяй. От этого варианта и пошла фамилия: Микодин — «сын Микоды» (где Микода — разговорная форма Микодима). Суффикс -ин указывает на принадлежность, как в фамилиях Ильин, Фомин.

Менее убедительна версия от слова «микода» — так в некоторых говорах называли съедобный гриб. Прозвище мог получить грибник или человек, торгующий грибами. Но эта гипотеза слабая: слово «микода» почти не фиксируется в диалектных словарях, а фамилии от названий грибов (Грибов, Опёнкин) редки и обычно прозрачнее по форме.

Фамилия Микодин — почти наверняка результат народной переработки церковного имени. Носители такой фамилии — потомки крестьян или мещан, в среде которых подобные фонетические изменения были обычны. Географически фамилия встречается в центральных и южных областях России, но нигде не образует плотного скопления — это подтверждает её случайное, «единичное» происхождение от конкретного прозвища предка.