Фамилия Микошин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — с помощью патронимического суффикса -ин. В основе лежит личное имя или прозвище Микоша. Такая форма характерна для северных и центральных областей России, где суффикс -ин присоединяли к основам на -а, -я, в отличие от южных территорий, где предпочитали -ов/-ев.

Само имя Микоша — это уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Михаил. В бытовой речи XVI–XVII веков Михаилов часто называли Миками, Микулами, Мишуками, и Микоша — ещё один вариант этого ряда. Суффикс -ош- придавал имени фамильярный, домашний оттенок, как у Ероша (от Ерофей) или Федюша (от Фёдор). Таким образом, Микошин буквально означает «сын Микоши», то есть потомок человека, которого в семье или в деревне звали Микошей.

Есть и вторая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «микоша» могло быть прозвищем, связанным с глаголом «мигать» или «мигнуть» — так могли назвать человека с частым морганием, подслеповатого или, наоборот, того, кто подавал знаки. Однако в ономастических словарях эта гипотеза не находит поддержки: фамилии на -ин от прозвищ с суффиксом -ош- обычно восходят именно к личным именам, а не к нарицательным словам.

Географически фамилия Микошин тяготеет к Вологодской и Архангельской областям, а также встречается в Кировской области. Это косвенно подтверждает северное происхождение: именно в этих краях была сильна традиция называть детей неполными формами имени, которые затем закреплялись в фамилиях. Сословно предки Микошиных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Миков, Микулин, Мишин, — то Микошин стоит особняком именно из-за редкого суффикса -ош-. Он делает фамилию более архаичной и диалектной, что указывает на её глубокие корни в русском Севере, где язык дольше сохранял старые словообразовательные формы.