Фамилия Микоши — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии происхождения. В русском языке нет корня «микош-» в значении прозвища или профессии, и словообразовательная модель с окончанием -и, а не с привычными -ов, -ин или -ский, сразу выдаёт в ней западный или южнославянский след.

Самая правдоподобная версия — украинское или белорусское происхождение. В этих регионах фамилии на -и (Микоши, Гавриши, Даниши) образуются от уменьшительных форм имён. Основа Микош — это народный вариант имени Михаил (через форму Мико, Мик, с добавлением суффикса -ош). Такое стяжение характерно для западноукраинских и польских говоров: «Микош» звучит как ласкательное или обиходное обращение к человеку по имени Михаил. Соответственно, Микоши — это буквально «потомки Микоша», то есть Михайловы, но в местной, диалектной огласовке.

Суффикс -ош в русской ономастике встречается редко, но в польском и украинском он обычен для прозвищ и имён (Ярош, Маткош, Микош). Есть и альтернативная, менее вероятная гипотеза: связь с венгерским словом «mikó» (маленький, крошечный). Венгерское влияние на фамилии Закарпатья и Западной Украины действительно велико, и фамилия Микоши могла возникнуть как прозвище низкорослого человека. Однако против этой версии говорит то, что в венгерском типичная фамилия от этого корня выглядела бы иначе (например, Мико, без суффикса -ш), и модель на -и там также нехарактерна для прозвищ — она, скорее, указывает на принадлежность.

Таким образом, перед нами типичная «патронимическая» фамилия, показывающая, кем был предок: сыном или внуком Микоша, то есть Михаила. Носители фамилии Микоши в России и на Украине сегодня рассеяны, но наибольшая плотность исторически прослеживается в западных областях Украины (Львовская, Ивано-Франковская, Тернопольская) и в приграничных районах Беларуси. Встречается она и в Польше, где записывается как Mikoszy. Фамилия не относится к дворянским или купеческим — это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где фамилии закреплялись по имени отца без сословных привилегий.