Фамилия Микоев — редкий случай, когда географический адрес почти так же важен, как и языковой корень. Встречается она прежде всего у осетин, а также у чеченцев и ингушей, и это сразу подсказывает, что искать её происхождение нужно не в славянской, а в кавказской ономастике.

Основа фамилии — мужское имя Мика (или Мико), которое на Кавказе часто выступает как сокращённая форма от Микаэл (библейский Михаил, «кто как Бог»). Суффикс -ев типичен для русского оформления нерусских фамилий: в XIX—XX веках, при записи в метрики и переписи, к осетинским и вайнахским именам и прозвищам добавляли стандартный русский патронимический суффикс. То есть Микоев буквально означает «сын Мико» или «потомок Мики».

Менее вероятна, но не исключена версия, что в основе лежит тюркское слово «мика» — «гвоздь» или «шип». В таком случае прозвище мог получить человек с цепким, упрямым характером или, к примеру, кузнец. Однако для осетинской и чеченской среды версия с личным именем выглядит естественнее: на Кавказе фамилии от имён предков — самый распространённый тип.

Интересно, что фамилия Микоев сохранила архаичное ударение на последнем слоге — Мико́ев, что свойственно осетинским фамилиям, русифицированным через суффикс -ев. В русском языке ударение постепенно смещается на первый слог, но в среде носителей старшего поколения на Кавказе жива первоначальная форма.

Фамилия не входит в число массовых русских фамилий, и её носители в центральной России — это, как правило, потомки выходцев с Северного Кавказа, переселившихся в XX веке. Сословная принадлежность предков была разной: от горских крестьян до воинов-узденей (в осетинской иерархии). Однозначно сказать, кем были первые Микоевы, не позволяет скудость архивов, но ясно, что фамилия эта — живой след кавказского имени, перешедшего в русский документооборот.