Фамилия Микотов — одна из тех, где разбор упирается в короткую основу «Микот», которая в современном русском языке самостоятельного значения не имеет. Чтобы понять её корни, нужно смотреть в сторону уменьшительных и обиходных форм личных имён.

Наиболее вероятная версия — происхождение от имени Никита. В разговорной речи это имя давало множество сокращённых вариантов: Микита, Микша, Мико, Микот. Форма Микот — это ласкательное или просторечное производное, которое и легло в основу фамилии. Суффикс -ов указывает на типичную модель «чей сын?» — то есть Микотов буквально означает «потомок Микота». Подобные переходы (Никита → Микита → Микот) хорошо известны в русской ономастике и описаны в работах Б. Унбегауна.

Вторая, менее распространённая гипотеза, связывает фамилию с диалектным словом «микотать» — в некоторых говорах так говорили о человеке, который говорит невнятно, мямлит, или о том, кто делает что-то медленно, копается. Прозвище Микот могли дать нерасторопному или неразборчивому в речи человеку. Однако эта версия слабее: фамилии от глагольных основ с таким суффиксом встречаются реже, чем от имён, и не имеют широкой географической поддержки.

Примечательна и форма фамилии — Микотов, а не Микитов или Микитков. Стяжение «и» в «о» (Микита → Микот) встречается в северных и сибирских говорах, где безударное «и» могло редуцироваться или переходить в другой звук. Это даёт небольшую, но важную зацепку: носители фамилии Микотов с высокой вероятностью происходят из регионов Русского Севера или из областей, куда уходили переселенцы из северных губерний — Вятка, Пермская губерния, Архангельская область.

Сословная принадлежность предков по фамилии не определяется — Микотовы могли быть и крестьянами, и мещанами, и священниками. Фамилия не княжеская и не боярская, а значит, её носители — потомки простых людей, которых когда-то в быту звали Микотом.