Фамилия Микотка — редкий случай, когда прозвище застыло в исходной форме, без суффикса, который обычно присоединялся к основе. В русской фамильной модели это нетипично: большинство фамилий оканчиваются на -ов, -ин или -ский. Здесь же — чистая основа, что сразу указывает на западнославянское или украинско-белорусское происхождение. В польском, украинском и белорусском языках такие образования встречаются чаще; фамилия Микотка могла попасть в русскую среду вместе с переселенцами из этих регионов.

Корень фамилии — «микот». Это производное от личного имени Микита (разговорная форма от Никита) с характерным чередованием «и» и «ы». В украинском и белорусском языке имя Никита звучало как Микита, и от него образовали множество уменьшительных форм: Микитка, Микоть, Микотка. Суффикс -к- в данном случае — уменьшительно-ласкательный, то есть Микотка — это «маленький Микита» или «Микита-сын». Таким образом, фамилия напрямую происходит от крестильного имени Никита (греч. «победитель»), но через народную, разговорную ветвь.

В ономастических словарях фамилия Микотка не фигурирует как широко распространённая, но её структурные аналоги известны. Например, в работе Б. Унбегауна «Русские фамилии» упоминаются фамилии на -ка, характерные для украинской и белорусской традиции: Бондарка, Шевченка, но в русском контексте они редки. Микотка — один из таких случаев, когда прозвище или домашнее имя отца закрепилось за потомками без изменений.

Социальный контекст: в XIX веке такие фамилии чаще встречались у крестьян и мещан западных губерний Российской империи, где патронимические формы на -ка были обычным делом. Предки носителя фамилии Микотка, скорее всего, были простыми людьми, которых в быту называли по имени отца — Микотка, то есть «Микитин сын», и это прозвище со временем стало фамилией.

Спорных версий у фамилии практически нет. Единственное, что можно предположить — связь с диалектным словом «микотать» (говорить невнятно, мямлить), но это маловероятно: основа «микот» в антропонимии уверенно возводится к имени Микита.