Фамилия Микоткин — редкая и звучит нестандартно для русского уха. Её основа заставляет задуматься: откуда это слово? Самое простое объяснение — прозвище Микотка. Так могли назвать человека маленького роста, щуплого, «микробного» сложения, если использовать современный язык. Но в основе, скорее всего, лежит не медицинский термин «микотоксин» или «микроб», а диалектное слово. В некоторых русских говорах «микотка» или «микота» означало нечто мелкое, крошечное, незначительное — отсюда и фамилия, описывающая внешность или характер.

Однако есть и другая, более вероятная версия. Фамилия Микоткин могла возникнуть как вариант фамилии Микотин, где основа — уменьшительное имя Микота от канонического имени Никита. В русской народной традиции имя Никита часто сокращали до Микита, а затем до Микоты. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Микотин, то есть сын Микоты. А форма Микоткин — это уже вторичное образование, когда к основе Микот- добавили суффикс -к- (как в фамилиях Ивашкин, Петькин), что подчёркивает ещё более ласкательную, «домашнюю» форму прозвища.

Иными словами, предок Микоткиных мог быть просто Микоткой — уменьшительным от Никиты, а фамилия закрепилась в варианте с двойным суффиксом, что встречается нечасто. Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где диалектные формы имён были особенно живучи. Встречается она редко, поэтому её носители — почти наверняка потомки одной небольшой ветви, возможно, из крестьянской или мещанской среды, где прозвища передавались по наследству без изменений.