Фамилия Микруха — редкая и неочевидная. На первый взгляд в ней слышится что-то уменьшительное, но корень здесь не «микро», а скорее всего, древнее личное имя или прозвище.

Самая вероятная версия — происхождение от канонического имени Микей (разговорная форма имени Михаил) с добавлением суффикса -ух(а). В русской народной традиции суффикс -ух(а) образовывал прозвища и неофициальные имена: Микей → Микруха. Такая модель хорошо известна: Петруха (от Пётр), Ванюха (от Иван), Гришуха (от Григорий). Со временем это прозвище закрепилось как фамилия, отвечающая на вопрос «чей?» — то есть сын Микрухи.

Менее убедительна, но возможна связь с диалектным словом «микруха» — так в некоторых говорах могли называть невысокого, мелкого человека (от «микрый» — маленький, хилый). Однако в этом случае фамилия была бы более прозрачной по смыслу, а реальные носители чаще встречаются в южнорусских и украинских областях, где имя Микей было распространено.

Фамилия Микруха недворянская, скорее всего, крестьянская или казачья. Суффикс -ух(а) указывает на украинское или южнорусское происхождение: в северных и центральных регионах России такие формы встречаются реже. Встречаются также варианты написания Микрюха, что подтверждает связь с именем Микей через чередование согласных.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Микрюков, Микрушин, Микейкин — показывает, что все они восходят к одному корню, но Микруха сохранила самую архаичную форму, без типичных русских суффиксов -ов/-ев. Это делает её ценной для ономастики: она застыла в виде прямого прозвища, минуя этап патронимической перестройки.

Географически фамилия привязана к Курской, Белгородской областям и востоку Украины. В переписях XVII–XVIII веков встречаются казаки Микрухи в слобожанских полках. Таким образом, предки носителя фамилии — скорее всего, вольные поселенцы южных рубежей, а не крепостные центральной России.