Фамилия Микужис образована от имени Микужа – южнославянского аналога имени Николай. Имя Николай восходит к греческому Nikolaos, где nika означает «побеждать», а laos – «народ». Суффикс –ис указывает на литовское, либо латышское происхождение фамилии. Очевидно, основатель рода Микужис был родом с Балкан, а затем он, либо его потомки переехали в Прибалтику.