Фамилия Микуина — редкий пример, где женская форма закрепилась в документах раньше и прочнее мужской. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я: Микуин — «чей?» — сын Микуи. Но Микуя — неканоническая, разговорная форма христианского имени Николай. В северных и новгородских говорах имя Николай издавна редуцировалось до Микула, Микулка, Микуй. Отсюда и фамилии Микулин, Микулов, Микуев, а Микуин — самая сжатая, «сыновья» форма: буквально «маленький Микуя» или «Микуин сын».

Если же копнуть глубже, основа «Мику» могла принадлежать и дохристианскому прозвищу. В архангельских и вологодских диалектах «микуй» — насмешливое прозвище медлительного, задумчивого человека (от глагола «микать» — мешкать, тянуть). В этом случае фамилия Микуина — не от имени, а от прозвища предка, и географически такая версия правдоподобнее: основная масса носителей фамилии сегодня сосредоточена на Русском Севере, особенно в Архангельской области и Карелии.

Женская форма Микуина, а не Микуин, говорит о том, что фамилия долго бытовала в крестьянской среде, где в переписях и метриках нередко записывали жену или вдову по мужу: «вдова Микуина» — то есть вдова Микуина. Постепенно форма закрепилась как наследственная для всех членов семьи, включая мужчин, но в исходных записях осталась «женской». В современных справочниках фамилия числится как склоняемая, мужской вариант — Микуин, но в быту встречаются оба написания.

Фамилия не дворянская и не купеческая — её носители в XIX веке числились преимущественно государственными крестьянами Олонецкой и Архангельской губерний. Ни одного известного исторического деятеля с такой фамилией нет, что для генеалогического поиска даже удобно: ветви не размыты, и проследить свою линию можно по северным исповедным росписям, где Микуины встречаются компактно, в одних и тех же деревнях.