Фамилия Милаушкин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, ласкательное обращение. Корень здесь — «мил-», тот же, что в словах «милый», «миловать». Но суффикс «-ушк-» указывает не на уменьшительное имя (как в Милушка от Милана или Милодора), а на прозвище, образованное от глагола «миловать» — то есть целовать, ласкать, проявлять нежность.

Самая правдоподобная версия: Милаушка — это человек, которого так прозвали за ласковый нрав, либо, напротив, тот, кто сам постоянно целовался и обнимался. В русских говорах слово «милашка» известно, но форма «милаушка» встречается реже и звучит архаичнее. Второй вариант, менее вероятный: прозвище могли дать по профессии или занятию, связанному с «милованием» в старом значении — например, выкупом пленных (миловать — освобождать за выкуп), но для этого нет устойчивых диалектных подтверждений.

Суффикс «-ин» в фамилии Милаушкин — типичный русский патронимический показатель, отвечающий на вопрос «чей?». То есть Милаушкин — это сын Милаушки. Фамилия образована по модели, характерной для северных и центральных регионов России, где прозвищные формы на «-ушка» переходили в фамилии на «-ин» (сравните: Дедушкин, Бабушкин, Милушкин). В южных и западных областях чаще использовали бы суффикс «-ов», так что география фамилии, вероятнее всего, связана с Владимирской, Ярославской или Костромской губерниями.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных базах данных она фиксируется единичными случаями, в основном в Поволжье и на Урале, что может указывать на миграцию носителей в ходе колонизации этих земель в XVII–XVIII веках. Среди известных людей с такой фамилией нет — это не аристократическая фамилия, а крестьянское или мещанское прозвище, закрепившееся в документах.