Фамилия Милушкин — из числа тех, что образованы напрямую от личного имени, а точнее — от мирского имени Милушка. В древнерусской традиции так называли горячо любимого ребёнка: основа здесь — прилагательное «милый», то есть дорогой сердцу, приятный родителям. Суффикс -ушк- придаёт имени ярко выраженный ласкательный оттенок, поэтому первая и главная версия происхождения — семейное, домашнее прозвище малыша, которое со временем закрепилось за ним и перешло к потомкам.

Впрочем, возможно и другое прочтение. Милушкой могли прозвать и взрослого человека — за кроткий нрав, добродушие, незлобивость или миловидную внешность. Тогда фамилия отражает не родительскую нежность, а уличное прозвище, которое дали человеку окружающие. Обе версии правдоподобны, но первая, «детская», встречается в ономастике чаще: имена с уменьшительно-ласкательными суффиксами в роли мирских имён были обычным делом, и именно они чаще всего становились основой для фамилий на -ин.

Модель образования здесь простая и очень распространённая: к основе Милушк- добавили притяжательный суффикс -ин, который указывает на принадлежность. Первоначально Милушкин означало «чей-то сын», «ребёнок Милушки». Такая схема типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на согласный или на -а/-я: ср. Минин, Пушкин, Ильин. Фамилия Милушкин стоит в одном ряду с однокоренными Милов, Миловидов, Милёшин, но отличается именно ласкательной основой, что делает её «домашней» по звучанию.

Точное время и место возникновения фамилии назвать сложно: фамилии у крестьян и посадских людей закреплялись постепенно, на протяжении нескольких столетий, и письменные источники по конкретной семье могли не сохраниться. Однако сам тип фамилии — с суффиксом -ин от уменьшительного имени — указывает на то, что она сформировалась не позднее XVII–XVIII веков, когда такие модели были особенно активны.

Встречается фамилия преимущественно в центральной России и Поволжье, хотя сегодня носители разбросаны по всей стране. В написании иногда путают с фамилией Милушкин — с одной «ш», но это не вариант, а просто орфографическая ошибка: исходная основа с «ш» сохраняется устойчиво.

Так что Милушкин — это фамилия-память о человеке, которого когда-то звали ласково и тепло. Она не связана ни с ремеслом, ни с местностью, а говорит о личном качестве — милоте, приятности, любви. И в этом её своеобразие: за ней стоит не профессия и не географическое название, а чисто человеческое отношение — родительская нежность или доброе слово соседей.