Фамилия Милушкова — яркий пример того, как суффикс может изменить восприятие корня. Если отбросить окончание -а, указывающее на женский род, перед нами мужская форма Милушков. Она образована с помощью двух суффиксов: уменьшительно-ласкательного -уш- и фамильного -ов. Основа — имя или прозвище Милуха, которое в свою очередь происходит от древнерусского нецерковного имени Мил, Мила. В старину Милом называли не просто «милого» человека, а того, кто был дорог, желанен, возможно, позднего или долгожданного ребенка. Суффикс -уш- усиливает ласкательное значение, делая Милушку «ещё более милым» — эта форма могла быть домашним, внутрисемейным прозвищем.

Интересно, что фамилия на -ушков встречается реже, чем на -ов или -ин, что делает её словообразовательную модель заметной. Сравните: Милков, Милов, Милин — все от того же корня, но Милушков звучит теплее, почти по-детски. Это наводит на мысль, что предок носителя фамилии Милушков (а значит, и Милушкова) был человеком, которого в округе знали под ласковым прозвищем — возможно, он был добродушным, приветливым или просто младшим в роду.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где уменьшительные формы на -уха/-ушка особенно распространены. В дореволюционных переписях Милушковы встречались среди крестьян и мещан, например, в Курской и Воронежской губерниях. Сословной элиты среди них не было — это фамилия простых людей, чьё прозвище закрепилось за родом без всяких претензий на знатность. Спорных версий происхождения здесь нет: корень очевиден, а суффиксальная цепочка прозрачна. Единственное, что может сбить с толку, — возможная связь с редким именем Милуш, которое иногда встречается в польской ономастике, но для русской фамилии это маловероятно.