Фамилия Милушев образована от прозвища Милуша, которое, в свою очередь, восходит к прилагательному «милый». Это одна из тех «ласкательных» фамилий, которые давали не по ремеслу или месту жительства, а по личным качествам. Милушой на Руси могли назвать и симпатичного, приятного внешне человека, и того, кто отличался добрым, уживчивым характером. Так что фамилия с одинаковой вероятностью указывает и на внешность, и на нрав предка.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна. Суффикс -уш- в прозвище Милуша придавал ему уменьшительно-ласкательный оттенок, а фамильный суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного) превратил прозвище в отчество-фамилию. Иными словами, Милушев — это буквально «сын Милуши». Потомок человека с таким прозвищем со временем закрепил его за своим родом, и оно стало передаваться по наследству.

Интересно, что корень «мил-» дал начало целому гнезду родственных фамилий: Милушин, Милухин, Милов, Миловидов. Это говорит о том, что прозвища от слова «милый» были в ходу в разных регионах и не считались редкими. Однако форма Милушев встречается реже, чем, скажем, Милушин, что делает её более узнаваемой и менее «затёртой».

Стоит отметить, что в некоторых говорах слово «милуша» могло употребляться и как обращение к возлюбленной, но в основе прозвища всё равно лежит то же значение — «милый, любимый». Поэтому версия о происхождении от личной характеристики предка остаётся основной и наиболее правдоподобной.