Основой фамилии Миленкова послужило мирское имя Миленок. Фамилия Миленкова восходит к мирскому имени Миленок. Также не исключено, что фамилия Миленкова ведет свое начало от прозвища Миленок, которое мог получить человек с кротким нравом, добродушный и незлобивый. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Миленок, со временем получил фамилию Миленкова.