Фамилия Миленькова — женская форма фамилии Миленьков, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. Сама фамилия Миленьков образована по продуктивной модели с суффиксом -ов, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — Миленьков, то есть сын или потомок человека по прозвищу Миленький.

Ключевой вопрос — что стояло за прозвищем Миленький. В русском языке слово «милый» имело широкий спектр значений: от «приятный, симпатичный» до «дорогой, любимый». Однако прозвища редко давали просто за приятную внешность — чаще они возникали как ласковое обращение в семье или как ироничное прозвище. В старину «миленьким» могли называть младшего, любимого сына, баловня. Но есть и другая версия: в некоторых говорах «милый» означало «бедный, несчастный», «миловаться» — жалеть, сострадать. Тогда Миленький — это тот, кого жалели, возможно, слабый или больной человек. Такая двойственность типична для русских прозвищ: ласкательное слово могло стать насмешливым.

География фамилии Миленьков (и Миленькова) тяготеет к центральным и южным регионам России. Встречается она и на Украине, где могла быть записана как Миленько — от той же основы, но с другим суффиксальным оформлением. Примечательно, что суффикс -еньк- в прозвище — уменьшительно-ласкательный, характерный именно для народной речи. Это указывает на то, что фамилия сформировалась в среде, где такое словоупотребление было естественным, то есть среди крестьян и мещан, а не в книжной или дворянской среде.

Можно сравнить Миленькова с однокоренными фамилиями: Милов, Миловский, Милютин. Последняя, кстати, образована от другой формы того же корня (Милюта — уменьшительное от Милый) и гораздо распространённее. Миленьков же остался более редким, что может говорить о локальном характере прозвища — оно не вышло за пределы одной семьи или небольшой волости.

Сословная принадлежность предков Миленьковых, скорее всего, была крестьянской или однодворческой. Фамилия не встречается в ранних дворянских родословных книгах, и её простое, «домашнее» происхождение это подтверждает. Никаких громких исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано, что для рядовой русской фамилии нормально: её история — это история обычных людей, получивших прозвище по душевному качеству или семейному положению.