Фамилия Миличников — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с именем или профессией, а с конкретным, хорошо узнаваемым предметом быта. Разбираем её по составу: корень «миличник-» и суффикс «-ов». Суффикс указывает на типичную русскую модель образования — «чей?» — то есть сын или потомок Миличника. Основа же — слово «миличник» или, в более привычном звучании, «мельничник». Речь идёт о человеке, который работал на мельнице, но не обязательно был мельником-владельцем. В русских говорах «миличник» (с «и» вместо «е» после мягкого «л») — диалектный вариант, закрепившийся в произношении. Так могли назвать и помощника мельника, и того, кто обслуживал жернова, или просто жителя при мельнице.

Интересна огласовка: «Миличников», а не «Мельничников». Это не ошибка, а живой след акающего говора — там, где «е» переходило в «и» перед ударным слогом. Такая форма встречается в северных и центральных областях России, например, в старых переписях Вологодчины и Костромы. Фамилия могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей, которые кормились от мельничного дела, но не имели своей мельницы — батраки, наёмные рабочие, возчики зерна. В отличие от фамилии Мельников, которая часто принадлежала зажиточным хозяевам, Миличников выбивается из этого ряда: она звучит более «простонародно» и конкретно указывает на подчинённую роль.

Сравните с однокоренными фамилиями: Мельников, Мельниченко (украинская), Млынский (польская). Миличников стоит особняком — из-за диалектного корня он сразу выдаёт географию предков. Если ваш предок — Миличников, то с высокой вероятностью он родом из мест, где «мельницу» произносили как «мильница», а работника на ней — «миличник». Это не дворянская и не купеческая фамилия: она не встречается в родословных книгах, а бытует в крестьянской и мещанской среде XIX века.

Других версий происхождения, кроме как от «мельничник», практически нет. Связывать её с именем Милич (от Мила, Милен) или с тюркскими корнями натянуто: суффикс «-ник» в русских фамилиях устойчиво указывает на занятие, а не на личное имя. Так что Миличников — это потомок того, кто был при мельнице, и фамилия эта хранит не только профессию, но и местный говор, в котором она родилась.