Фамилия Милишникова — женская форма фамилии Милишников. В основе её лежит слово «милишник». Так в народе называли служащего милиции — то есть человека, который нёс службу в органах правопорядка. Фамилия эта сравнительно поздняя, она возникла не раньше начала XX века, когда в России появилась милиция (после 1917 года). До этого слова «милиционер» в быту почти не знали, а значит, и прозвище Милишник не могло возникнуть в крестьянской или купеческой среде раньше советского времени.

Модель образования проста: к основе «милиш» (разговорный вариант от «милиция») добавили суффикс -ник, который указывает на лицо по роду занятий (ср. «сапожник», «огородник»). Затем оформился фамильный суффикс -ов, и получился Милишников. Женская форма Милишникова — это грамматическая принадлежность к роду: так называли жену или дочь Милишникова.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения. В отличие от массовых профессиональных фамилий вроде Кузнецов или Плотников, Милишниковы встречаются редко. Это объясняется и поздним происхождением, и тем, что сама профессия милиционера не была наследственной — дети редко продолжали службу в том же ведомстве, и фамилия не закреплялась в поколениях.

Версия о связи с личным именем Милий (от латинского «милис» — «мягкий, кроткий») маловероятна. От имени Милий образовались бы фамилии Мильев или Милин, но не Милишников. Суффикс -ш- в основе указывает именно на разговорное, уличное прозвище, а не на книжное имя.

Таким образом, носительница фамилии Милишникова, скорее всего, потомок человека, служившего в милиции в первые десятилетия советской власти. Фамилия — редкий пример того, как профессия, возникшая в XX веке, успела породить собственное фамильное гнездо.