Фамилия Милишников — редкий пример, где суффикс -ников указывает на профессию, но сама основа ставит исследователя в тупик. В русском языке суффикс -ник традиционно образовывал названия ремесленников (плотник, сапожник), а -ов добавлял значение принадлежности: Милишников буквально означает «сын милишника». Но кто такой «милишник»?

Самая прямая версия — связь с глаголом «милить» или «мылить». В северных и сибирских говорах «милить» означало «натирать мылом», «мылить», а «милишник» мог быть мыловаром или торговцем мылом. Мыловарение в XVIII–XIX веках было кустарным промыслом, и прозвище по занятию легко закреплялось за целым родом. Фонетически переход «мыло» → «мило» в некоторых диалектах встречается, хотя и не повсеместно.

Вторая версия, менее надёжная, связывает фамилию с личным именем Милий (от латинского «miles» — воин). Уменьшительная форма Милиш могла дать отчество Милишев, но здесь суффикс -ников, а не -ев, что говорит в пользу прозвищного, а не именинного происхождения. Кроме того, имя Милий было редким даже в среде духовенства, где его иногда давали по святцам.

Географически фамилия Милишников встречается в основном в центральных и поволжских областях России, что совпадает с зоной распространения кустарного мыловарения. В дореволюционных переписях она не фиксируется как дворянская или купеческая, что указывает на крестьянские или мещанские корни. Встречаются варианты написания Милешников и Милишников — путаница между «е» и «и» в безударном положении характерна для русских говоров, где «мило» и «мело» звучали сходно.

Таким образом, наиболее вероятно, что предок носителя фамилии Милишников был человеком, чьё прозвище пошло от мыловаренного дела — не столь почётного, но необходимого в быту ремесла.