Фамилия Мелишников образована от мирского имени Мелишник — так в старину могли называть человека в быту, независимо от крестильного имени. В основе лежит мужское имя Мелентий, которое в переводе с греческого означает «заботник, хлопотун». Краткая форма Мелиша и дала начало имени Мелишник, а уже от него пошла фамилия. Святым покровителем считается Мелентий, архиепископ Антиохский, живший в IV веке: он защищал православную веру от еретиков и за это трижды был заточен в темницу.

С днём святого Мелентия (25 февраля) у славян были связаны любопытные обычаи. В течение трёх дней после этой даты зерно, предназначенное для посева, выставляли на утренний мороз. Считалось, что тронутые холодом семена дают лучший урожай. На мороз выносили также лён и пряжу, чтобы нитки и мотки выходили чистыми, белыми и ровными. Эти приметы не имеют прямого отношения к происхождению фамилии, но хорошо показывают, как имя святого вплеталось в народный быт.

Существует и другая версия, менее правдоподобная. Согласно ей, фамилия происходит от прозвища Мелишник, которым могли называть мельника. Однако эта гипотеза слабее: связь с именем Мелентий прослеживается чётче, а прозвище от слова «мельник» обычно давало бы формы вроде Мельников или Мельничников. Мелишников — более редкий и архаичный вариант, что как раз говорит в пользу происхождения от личного имени.

Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: Мелишников — это сын, потомок Мелишника. Такую модель часто использовали в русских фамилиях, когда имя или прозвище отца переходило к детям в притяжательной форме. Подобные фамилии встречаются в разных регионах, но Мелишников остаётся довольно редкой, что делает её особенно интересной для тех, кто ищет свои корни.