Основой фамилии Милешников послужило мирское имя Милеша. Имя Милеша имеет общеславянский корень мил- и связано с прилагательным «милый», т.е. Однако существует и другая гипотеза, согласно которой имя Милеша представляет собой форму польского имени Милош, восходящего к общеславянскому Милослав. Сама по себе фамилия Милешников является отчеством второго порядка: Милешников – сын Милешника, внук Милеши. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Милеша, со временем получил фамилию Милешников.