Фамилия Милишева хранит память о личном имени или прозвище дальнего предка — Милиш. В основе лежит древнерусское слово «милый» в значении «сердечный, желанный, любимый». Так на Руси могли назвать человека с кротким и добродушным нравом, незлобивого и приятного в общении. Но у этого имени есть и второй, более трогательный смысл: Милишем нередко называли долгожданного ребенка, которого ждали долгие годы и появление которого стало для семьи настоящей радостью.

Суффикс -иш- в имени Милиш — это не уменьшительно-ласкательная форма в современном понимании, а скорее указание на принадлежность к «милым» людям, на их душевное качество. Такие имена-характеристики были широко распространены в дохристианской Руси и продолжали использоваться в быту даже после крещения, когда у человека появлялось церковное имя. Мирское имя Милиш вполне могло соседствовать с крестильным, а со временем именно оно закрепилось в качестве основного именования и легло в основу фамилии.

Притяжательный суффикс -ев в фамилии Милишев указывает на прямое родство: Милишев — значит «сын Милиша», «ребенок Милиша». Такая модель образования фамилий — от имени или прозвища отца с добавлением суффикса принадлежности — одна из самых древних и распространенных на Руси. Потомок человека по прозвищу Милиш со временем получал фамилию Милишев, а его дети и внуки уже носили её как родовое имя, не задумываясь о первоначальном значении.

Фамилия Милишева встречается преимущественно в южнославянской и русской среде, что объясняется общими корнями слова «мил» в славянских языках. В сербской и болгарской традиции имя Милиш также известно и имеет те же смысловые оттенки — «милый, дорогой». Поэтому носители фамилии могут иметь как русские, так и балканские корни, и в каждом случае фамилия будет указывать на добрый нрав или желанность предка.

В русской ономастике фамилию Милишев относят к группе «характерологических» фамилий, образованных от прозвищ, которые описывали человека по его внутренним качествам. Рядом с ней стоят такие фамилии, как Милов, Милютин, Милашев — все они выросли из одного корня «мил», но каждый по-своему. Фамилия Милишев выделяется среди них именно суффиксом -иш-, который встречается реже, чем -ов или -ин, и потому звучит более самобытно.

Сложно сказать, к какому сословию принадлежали первые носители фамилии. Такие имена-прозвища бытовали и среди крестьян, и среди посадских людей, и даже в среде духовенства. Но в любом случае, фамилия Милишева — это не случайный набор звуков, а живое свидетельство того, что когда-то в роду был человек, которого окружающие называли Милишем — за доброту, кротость или за то, что он появился на свет долгожданным и желанным.