Фамилия Милишины образована от личного имени Милиша, которое в старину давали ребенку как мирское, домашнее имя. В его основе лежит прилагательное «милый», и это сразу объясняет характер прозвища: так могли назвать кроткого, добродушного и незлобивого человека. Впрочем, не исключено, что имя закреплялось за ребенком как пожелание — чтобы он вырос ласковым и любимым в семье. Потомки человека по имени Милиша со временем получили фамилию Милишины.

Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования фамилий от основ, оканчивающихся на -а или -я. По такой же схеме возникли, например, фамилии Фомин, Лукин или Саввин. Здесь важно, что форма Милишин, а не Милишов, подтверждает древность имени: в русской традиции имена с уменьшительным суффиксом -иша (Милиша, Мартиша, Фомиша) встречались в документах XVI–XVII веков, особенно в северных и центральных уездах.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно — процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий и завершился в основном к XIX веку. Но сам факт, что фамилия сохранилась в форме Милишины, а не перешла в более привычное Милишов, говорит о том, что она закрепилась в среде, где были сильны старые говоры и традиции. Встречается она редко, что типично для фамилий, образованных от нецерковных, мирских имен: такие имена постепенно вышли из обихода после церковной реформы, и фамилии на их основе стали редкостью.

Сегодня фамилию Милишины можно рассматривать как памятник славянской письменности и культуры, сохранивший в себе отголосок древней традиции именования — когда имя было не просто ярлыком, а характеристикой человека или пожеланием ему доброй судьбы.