Основой фамилии Милишин послужило мирское имя Милиша. Мирское имя Милиша происходит от прилагательного "милый", однако не исключено, что в основе фамилии лежит прозвище Милиша, которое мог получить человек с кротким нравом, добродушный и незлобивый. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Милиша, со временем получил фамилию Милишин.