Фамилия Милишин образована от мирского имени или прозвища Милиша, а то, в свою очередь, — от прилагательного «милый». Такой путь типичен для русских фамилий: в основе часто лежит не церковное, а обиходное имя, которым человека наделяли в семье или в деревне. Милишей могли назвать кроткого, добродушного и незлобивого человека — имя фиксировало характер, а не просто ласкало слух.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Милишин буквально значит «сын Милиши». Это одна из самых распространённых моделей русских фамилий, но с редкой основой — имя Милиша встречается нечасто, поэтому и фамилия осталась сравнительно редкой.

Интересно, что прилагательное «милый» в древнерусском языке имело более широкий смысл, чем сейчас: оно могло означать не только «приятный внешне», но и «мирный», «согласный», «достойный любви». Так что предок носителя фамилии, скорее всего, слыл человеком уживчивым и мягким, и это качество закрепилось за ним в имени, а затем перешло к потомкам.

Не исключено и другое прочтение: в некоторых говорах «милиша» могли произнести с иронией, называя так излишне ласкового или даже льстивого человека. Но эта версия менее правдоподобна — в основе большинства подобных имён лежит всё же прямое, положительное значение.

Фамилия Милишин не имеет отношения к географии или профессии: она чисто «личная», патронимическая. Её носители могли быть крестьянами, ремесленниками или служилыми людьми — сословие по фамилии не определить, но сам тип имени говорит о том, что сложилась она в среде, где ценили простые человеческие качества, а не знатность рода.