Фамилия Милишев образована от личного имени или прозвища Милиш, которое восходит к древней славянской основе «мил-». Это корень со значением «милый, сердечный, желанный», и он дал жизнь множеству имен и прозвищ у разных славянских народов. Милишем могли назвать человека с кротким нравом и добродушным характером, но чаще всего так называли долгожданного ребенка — того, кто родился «в милость», то есть на радость родителям.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: к основе Милиш добавили типичный для русских фамилий суффикс принадлежности -ев, который указывает на «сына» или «потомка» человека по имени Милиш. Так что Милишев буквально означает «сын Милиша». По той же модели возникли фамилии Милишин, Милицин, а также более распространенные Милов, Миловидов, Милоградов — все они выросли из одного корня, но каждый по-своему.

Интересно, что имя Милиш встречается не только в русской, но и в сербской, хорватской и болгарской традициях. В южнославянских языках уменьшительные формы на -иш (Милиш, Драгиш, Радиш) были особенно популярны в Средние века. Это позволяет предположить, что фамилия Милишев могла возникнуть в тех регионах, где славянские диалекты соприкасались, — например, на южнорусских землях или в зоне влияния выходцев с Балкан. Впрочем, на территории России она встречается нечасто, что делает её самобытным памятником именно славянской антропонимии, а не массовой фамилией.

Точное время и место появления фамилии Милишев установить сложно. Как и многие русские фамилии, она закреплялась постепенно: сначала прозвище Милиш использовалось в быту, затем переходило к детям как устоявшееся семейное именование, и лишь потом, в XV–XVII веках, когда началось массовое формирование фамилий, приобрело окончательную форму с суффиксом -ев. Окончательно говорить о происхождении конкретной ветви Милишевых можно только после серьёзного генеалогического исследования архивов, но сама основа фамилии говорит о тёплом, ласковом отношении к предку, который её носил.