Фамилия Милиствер — редкая и нестандартная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не связано с русским языком, а уходит корнями в западноевропейскую, скорее всего, немецкую или еврейскую (ашкеназскую) традицию. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных суффиксами -ов, -ев, -ин, -ский, Милиствер не имеет такого типичного окончания. Это указывает на то, что фамилия пришла в готовом виде, а не была «обрусевшей» через добавление суффикса.

Скорее всего, перед нами составная фамилия. Первая часть, «Милис-», может восходить к немецкому слову «Milch» (молоко) или к личному имени Милис (уменьшительная форма от Эмиль или Камилл). Вторая часть, «-твер» (или «-твер»), вероятно, происходит от немецкого «Wer» (кто) или, что правдоподобнее, от искажённого «-stein» (камень) или «-werth» (остров, луг у реки). В таком случае исходная форма могла быть Милисштайн (Milisstein) или Милисверт (Miliswerth). Со временем, при записи в русских документах, фамилия могла упроститься до Милиствер из-за особенностей произношения или канцелярской ошибки.

Вторая, более простая гипотеза: фамилия могла быть образована от прозвища или профессии. Если первая часть — «милис» (от латинского «militis» — воин, солдат, что тоже встречается в немецких фамилиях), то Милиствер — это «тот, кто верит в воина» или «верный солдату». Однако это построение искусственно и менее вероятно, так как для немецкого языка более типичны сложные слова, описывающие место жительства или род занятий.

Географически фамилия могла закрепиться на территориях, где исторически жили немецкие колонисты или еврейские общины, говорившие на идише (который впитал много немецкой лексики): Поволжье, Причерноморье, Прибалтика. В России XIX — начала XX века носители фамилии Милиствер встречались в черте оседлости и в губерниях с немецким населением. Точных данных о сословной принадлежности нет, но, судя по модели, предки могли быть ремесленниками, мелкими торговцами или сельскими жителями — людьми, чья фамилия не прошла через дворянскую призму с её типичными окончаниями.

Написание фамилии могло варьироваться: Милиствер, Милествер, Милистфер. Встречается и вариант с ударением на первый слог — Ми́листвер, что тоже характерно для немецких заимствований, где ударение часто падает на корень. Сравнить Милиствер можно с фамилиями, образованными по той же модели: Гольдшвер (Goldschwer — «золотой тяжеловес»), Вайншток (Weinstock — «виноградная лоза»), Циммерман (Zimmermann — «плотник»). Все они — «немые» свидетели миграции и адаптации иноземных фамилий в русской среде.