Фамилия Милисов — редкий пример, где основа неочевидна на первый взгляд. Она образована по стандартной патронимической модели с суффиксом -ов, то есть буквально означает «сын Милиса». Но что такое «Милис»? В русской ономастике это не каноническое имя и не распространённое прозвище, поэтому здесь возможны два основных пути.

Первый и самый вероятный — связь с крестильным именем Милий. Это имя греческого происхождения (от «мелос» — песня, или от названия города Милет) встречалось в святцах, но было редкостью. В народной речи имя Милий могло получить уменьшительную форму Миля, а от неё — притяжательное прилагательное Милисов (чей? — Милисов сын). Фамилия закрепилась за потомками человека, которого в быту звали Милисом — то есть производным от Миля с суффиксом -ис, который иногда встречается в русских прозвищах (ср. Влас, Терентий — Власис, Терентис). Такая модель редка, но не уникальна.

Вторая версия — прозвищное происхождение от слова «милый». В диалектах могло существовать прозвание Милис в значении «ласковый, любимчик», но это предположение слабее: для образования фамилии от «милый» обычно использовали суффиксы -ов или -ин напрямую (Милый → Милов, Милин), а форма Милис выглядит искусственной и, скорее всего, является переосмыслением имени.

Географически фамилия Милисов встречается точечно, преимущественно в центральных областях России и в Поволжье. В дореволюционных переписях её носители чаще всего были крестьянами или мещанами. Сословных привилегий фамилия не даёт, но её редкость — сама по себе отличительная черта: Милисовых в стране меньше тысячи человек, что делает фамилию своеобразным маркером одной или нескольких родственных ветвей.

Если ваш предок — Милисов, с высокой долей вероятности его отец или дед носил редкое церковное имя Милий, которое в быту сократили до Милис. Это не ошибка писаря, а живой след народной переработки книжного имени.