Фамилия Милитонян — редкий случай в русском ономастиконе, потому что её основа не славянская, а армянская. Читатель, носящий эту фамилию, почти наверняка имеет армянские корни, и ответ на вопрос «откуда она» лежит в области армянской антропонимии, а не русской.

Разбираем словообразовательную модель. Фамилия образована по типичному для армянских фамилий патронимическому суффиксу -ян (в старой орфографии — -янц). Этот суффикс означает принадлежность, происхождение: «из рода такого-то», «сын такого-то». В русском языке он закрепился в форме -ян, и Милитонян — это русифицированная запись армянской фамилии, которая в оригинале могла звучать как Милитонянц.

Основа фамилии — Милитон. Это личное имя, точнее, его армянская народная форма. Исходное имя — Мелитон, которое восходит к греческому Μελίτων (Мелитон), происходящему от μέλι (мели) — «мёд». Имя Мелитон было широко распространено в христианском мире, в том числе в Византии и в армянской церкви. В армянском языке имя могло звучать как Мелитон, а форма Милитон — это диалектный или фонетический вариант, где «е» перешло в «и» под влиянием местного произношения. Таким образом, Милитонян — потомок человека по имени Милитон (Мелитон), что буквально означает «медовый».

Уникальный угол этой фамилии — её написание. В русском языке фамилию могли записать по-разному: Милитонян, Милитонц, Мелитонян. Вариант с буквой «и» в первом слоге (Милитонян) — самый распространённый в документах, но он не единственный. Если в семейных архивах встречается написание «Мелитонян», это не ошибка, а более точное отражение греческого источника. В армянской среде фамилия не была массовой, её носители — потомки выходцев из Западной Армении или районов, где имя Мелитон было в ходу. Социальный контекст: как и большинство армянских фамилий на -ян, Милитонян не указывает на сословие или ремесло, а только на родство. Предки могли быть крестьянами, ремесленниками или священнослужителями — имя Мелитон носили несколько раннехристианских святых, что могло повлиять на его популярность в церковной среде.