Фамилия Милитонов — редкий случай, когда прямое значение основы лежит на поверхности, но происхождение от этого не становится очевидным. Корень «милит-» сразу отсылает к латинскому «miles, militis» — воин, солдат. Однако в русской среде фамилию вряд ли дали бы просто за службу: слишком прямой и книжный смысл. Скорее всего, перед нами семинарская фамилия, образованная от латинского слова искусственно, в духовных училищах XVIII–XIX веков. Будущим священникам нередко меняли бытовые фамилии на более благозвучные или значащие на латыни, и «Милитонов» (от «milito» — воюю, или «miles» — воин) мог получить выпускник семинарии как символ «воина Христова». Это типичная модель для так называемых «семинарских» фамилий, где к латинской основе добавляли русский суффикс -ов.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — происхождение от греческого имени Милитон (Μιλήτων), которое восходит к названию древнего города Милет. В этом случае фамилия означала бы «сын Милитона» и попала в русский язык через греческие святцы. Однако имя Милитон встречается крайне редко, и в православных месяцесловах его нет, что делает эту гипотезу слабой. Обычно такие редкие греческие имена не давали массовых фамилий.

Суффикс -ов указывает, что фамилия формировалась в центральной России или на севере, где преобладала эта модель, а не украинская или белорусская (-енко, -ук). Географически Милитоновы могли быть выходцами из среды духовенства: в метрических книгах XIX века эта фамилия изредка встречается среди причетников и дьячков, особенно в Вологодской и Костромской губерниях. Сословно это почти наверняка не дворянство и не крестьянство, а именно церковнослужители, получившие «говорящую» фамилию при поступлении в училище.

Таким образом, если вы носите фамилию Милитонов, ваш предок, скорее всего, был человеком в рясе, а не в мундире, и его «воинственность» — метафора духовной борьбы, а не реальной службы. Фамилия редкая, и в современных справочниках её часто путают с Милитоновым, но написание с одной «т» — исходное и правильное.