Фамилия Милюганс с первого взгляда кажется нерусской, и это верное ощущение. Её выдает суффикс -анс, который нехарактерен для восточнославянских фамилий. В русской ономастике такие окончания встречаются редко и почти всегда указывают на западное, чаще всего латышское или польское, происхождение. В Латвии суффикс -анс (или -āns) — один из самых распространенных способов образования фамилий, он выполняет ту же роль, что и русское -ов/-ев. Таким образом, Милюганс — это типичная латышская фамилия, которая в русском языке сохранила исходное окончание без русификации.

Основа фамилии — Милюг- — восходит к личному имени или прозвищу. Скорее всего, перед нами вариант имени Милюк, Миля или Милюта, которые в свою очередь являются уменьшительными формами от канонических христианских имен Емельян (через форму Емильян) или Милий. Впрочем, возможна и связь с корнем мил- (от слова «милый»): такие прозвища давали человеку ласковому, приятному в общении. В латышской среде это имя могло быть заимствовано из русских или польских говоров, а затем получить местное оформление с суффиксом -анс.

Географически фамилия Милюганс почти наверняка привязана к территории Латвии, особенно к Латгалии — исторической области на востоке страны, где веками жило смешанное русское, латышское и польское население. Именно там часты фамилии с таким окончанием, а в основе нередко лежат имена славянского происхождения. Встречается написание с одной «н» (Милюганс) и с двумя (Милюганнс), но грамматически правильная латышская форма — с долгим ā в корне, что на письме передается как «Милюганс».

Фамилия редкая, и её носители, вероятно, происходят из крестьянской или ремесленной среды Латгалии XIX века, когда латышам массово присваивали фамилии. В отличие от русских фамилий, которые часто закреплялись за целым родом через отчество, латышские фамилии на -анс могли даваться по имени отца или по прозвищу одного человека. Поэтому предок нынешних Милюгансов, скорее всего, был просто человеком по имени Милюга или Милюк, а его дети и внуки уже стали Милюгансами.