Фамилия Милюгин образована от прозвища Милюга. Оно восходит к прилагательному «милый» со значением «дорогой, желанный; привлекательный, хорошенький; нежный, кроткий». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Милюга содержало указание как на особенности внешности основателя фамилии (миловидность, красота), так и на черты его характера (добродушность, незлобливость, кротость). Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Милюгин лежит не прозвище, а мирское имя Милюга – так могли назвать долгожданного, желанного, любимого ребенка. Так и прозвище Милюга закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Милюгин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Милюга, со временем получил фамилию Милюгин.