Фамилия Миклюгин образована от имени или прозвища Миклюга — так в народной среде переиначили каноническое имя Николай. Это не ошибка письма и не случайное искажение: в русских говорах начальное «ни» перед гласным часто переходило в «ми», отсюда и появились такие формы, как Миколай, Микита, Миклуха. Миклюга — уменьшительно-ласкательный вариант, который закрепился за человеком в быту, а уже его дети и внуки стали писаться Миклюгиными.

Имя Николай пришло из греческого языка и означает «побеждающий народ». В христианской традиции это имя прославил святитель Николай Мирликийский, один из самых почитаемых святых на Руси. Поэтому имя было чрезвычайно распространено, и от его просторечных форм возникло множество фамилий: Миколаев, Миклухин, Миклушов, Миклюков. Миклюгин стоит в этом ряду, но отличается редкостью — суффикс -юг- придаёт основе экспрессивный, несколько фамильярный оттенок, как в словах «катюга», «ворюга».

Модель образования фамилии проста и типична для русской ономастики: к основе Миклюг- добавили притяжательный суффикс -ин, который указывает на принадлежность потомку. То есть Миклюгин буквально означает «сын Миклюги». Такая схема характерна для фамилий, возникших в северорусских и центральных землях, где форма на -ин конкурировала с более южным вариантом на -ов.

Точных сведений о географии фамилии в открытых источниках мало, но по косвенным данным она встречается в Поволжье и на Урале — регионах, куда активно переселялись крестьяне из новгородских и вятских земель. Возможно, предки Миклюгиных были крестьянами или посадскими людьми, поскольку фамилии от просторечных форм имён в дворянской среде почти не встречались.

Написание фамилии устойчиво: с буквой «ю» после «г» и окончанием -ин. Вариант МиклЮгин с ударением на втором слоге встречается чаще, чем МиклУгин, хотя в разных семьях произношение может различаться. В документах XIX века фамилию могли записывать как Миклюгинъ, с твёрдым знаком на конце, но современная орфография закрепила привычный вид.

Если коротко: фамилия Миклюгин — это память о предке, которого в кругу семьи и соседей звали Миклюгой, то есть по-свойски Николаем. Она несёт в себе живой отпечаток народной речи, которая не копировала церковные формы имён, а переделывала их на свой лад, делая ближе и понятнее.